Макар, че средногодишното валежно количество е по-високо от средното за страната, като цяло територията на резервата е бедна на водни ресурси, поради преобладаващия карстов характер. Поради силната пропускливост на субстратите, голяма част от падналите валежи се просмуква в дълбочина и формира подземни езера и карстови извори. Последните нямат постоянен дебит и силно се влияят от количеството на валежите и водния отток по време на снеготопене. При поройни дъждове, големите наклони способстват формиране на няколко пъти по-висок повърхностен отток, с максимални стойности през периода март-юни, когато и реките са най-пълноводни. През останалите месеци от годината количеството на течащите повърхностни води е оскъдно, поради отвеждането на водния отток по подземно канално-галерийни системи в карстовите извори в подножието на Врачанската планина.
           Единствената значителна река, която разделя резервата на две, в два различни планински дяла, е р. Лева.
Специфичното съчетание между скална основа и течаща вода е способствало формирането на красиви водопади в резервата – Скакля (най-високия в България непостоянно течащ водопад - 141 м), Горен и Долен водопад на Манастирски дол, водопад в Медковски дол и водопад Шопката. Те са пълноводни през май и юни, при благоприятни валежни условия. Голяма част от тях пресъхват през август и септември, а през зимата замръзват.