БИОЛОГИЧНО РАЗНООБРАЗИЕ

          Независимо от неголямата територия, резерват „Врачански карст“ има значително видово разнообразие. Тук се срещат повече от 45 вида гъби и повече от 80 вида низши и 560 вида висши растения. От растителните видове с приоритетни за опазване местообитания в Бернската конвенция и Директива 92/43 е включен 1 вид. 11 вида са включени в списъците на Конвенцията за международна търговия със застрашени видове от дивата флора и фауна (SITEC). В Червения списък на IUCN е включен един вид. В Червената книга на България на редките и застрашените от изчезване растителни и животински видове (1984) са включени 21 вида, от които с категория “Застрашен” - 2 вида – розов божур (Paeonia mascula) и обикновен тис (Taxus baccata) и още 19 вида с категория “Рядък”.
          Резерватът опазва популация на ковачевия зановец (Chamaecytisus kovacevii), включен в Световния червен списък на IUCN. Видът е български ендемит и се среща ограничено в страната. В него се намират и по една от двете в България популации на критично застрашеното в страната алпийско плюскавиче (Silene alpinа), както и на реликта келереров центрантус (Centrantus kellereri).
          Резерватът е изключително значим за съхранението in situ (в естествени условия) на специфична хазмофитна (скалолюбива) растителност по варовикови скални склонове и отвесни скални стени. Тя се характеризира с голямо локално разнообразие и с участие на многобройни ендемични растителни видове и има много висока природозащитна стойност.
          На територията на резервата се срещат 167 вида лечебни растения, което представлява 35,6% от общия брой видове висши растения, установени в резервата.
          Силно развития подземен карст – пещери, пропасти, галерии, определя уникалната пещерна фауна. От трите екологични групи пещерни обитатели най-голямо значение за биоспелеологията има групата на троглобионтите. Тя включва типично пещерните организми, притежаващи редица белези, характерни за подземния начин на живот. Представителите на тази група имат най-голямо значение за зоогеографията при пресъздаването на историческото развитие на съвременната безгръбначна фауна, не само за страната, но и като цяло за Балканския полуостров и света.
          В резерват „Врачански карст” се срещат 15 вида безгръбначни животни със световно консервационно значение. Три вида са включени в Световния червен списък на IUCN, a 12 са локални ендемити и не се срещат никъде другаде по света. Поради голямото видово разнообразие, високото ниво на локален и регионален ендемизъм, както и силната уязвимост от антропогенна намеса, опазването на пещерната безгръбначна фауна на територията на резервата е от изключително значение.
Обектът съхранява in situ и популации на редица гръбначните видове със световно значение. Територията е с изключително значение за опазване на петрофилните видове птици (гнездящи по скали). В допълнение резервата обитават и 6 вида бозайници, защитени на световно ниво - включени в Световния червен списък на IUCN и в списъците по Конвенцията за международна търговия със застрашени видове (CITES). Европейска значимост имат 81 животински вида - 23 безгръбначни и 56 гръбначни, а 219 таксона са национално значими.
От бозайниците голям интерес представляват установените в резервата прилепи: голям подковонос, малък подковонос, средиземноморски подковонос и др.

През 1998 г. Врачански Балкан, респективно Резерват „Врачански карст”, е определен за КОРИНЕ място, поради европейското му значение за опазване на редки и застрашени местообитания, растения и животни, включително птици. През 2005 г. територията е обявена от BirdLife Internacional за Орнитологично важно място. С решения на МС територията на парка, респективно на резервата, е определена за защитена зона по Закона за биологичното разнообразие и Директива 79/409/ЕИО (за птиците) и Директива 92/43/ЕИО (за местообитанията).
Особено специфични за резервата са откритите варовикови скални стени и откоси, върху които освен богата флора, се формират растителни групировки с висока природозащитна стойност. В общоевропейската класификация на хабитатите тези природни формирования имат собствена позиция под наименованието „Скални склонове на Врачанския карст”. Хабитатът е включен в Приложение І на Директивата за хабитатите на Европейския съюз, което предполага специални мерки за опазването му. Втори хабитат с изключителна важност, включващ абиотични компоненти е неблагоустроени пещери.
Карстовият терен, наличието на карстови образувания - много пещери и пропасти, резерватният режим, който осигурява минимално човешко присъствие и разнообразният ландшафт са условията, допринесли за едно значително биологично разнообразие, с тенденция към завръщане на вече напуснали видове и стабилизиране на уязвими популации.